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CYBERGUARD FIELD NOTES

科研文件格式不是简单后缀

FASTA、BED、BAM、VCF和GFF使用不同结构表达序列、区间、比对、变异和注释。

FASTA:序列名称与内容

先确认序列名称是否与参考版本一致,再检查换行与未知碱基。

BED:区间与坐标起点

BED常用零起始半开区间,和其他格式换算时要防止错开一个碱基。

BAM:排序、索引和比对

BAM通常需要按坐标排序并配合索引,才能快速打开指定区域。

VCF:等位基因与过滤

VCF中的过滤、深度和基因型字段决定候选变异应如何阅读。

GFF:对象、属性和关系

GFF用属性连接基因、转录本和外显子,关系不完整会影响层级显示。